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Aunque Colombia ha sido un referente para América Latina en cuanto al reconocimiento jurídico de derechos para los grupos étnicos, especialmente para los pueblos indígenas, la mayoría de las comunidades étnicas continúan afrontando condiciones de vida inferiores a los promedios nacionales, agravadas por fenómenos como conflicto armado y los cultivos ilícitos, lo cual conlleva el predominio de enfermedades típicas de la pobreza, como la tuberculosis (TBC), el poliparasitismo intestinal (PPI), la enfermedad diarreica aguda (EDA), la infección respiratoria aguda (IRA) y la desnutrición que afectan sobretodo a la población infantil. En las últimas tres décadas, además, las comunidades que habían permanecido relativamente aisladas, han venido intensificando su interacción con el entorno social, enfrentándose a enfermedades desconocidas (cáncer, VIH-SIDA) para las cuales no contaban con suficientes defensas orgánicas ni con los conocimientos requeridos para afrontarlas. Como resultado de la intensificación del conflicto armado, la violencia y el desplazamiento forzado se han presentado cambios notables en su perfil epidemiológico y un agravamiento generalizado de su situación de salud.